- Prolog - Alexandria
Im Jahre 48 v.Chr. übernehmen wir als Dieb Menis-Ra den Auftrag, geheime Papyrusrollen in der berühmten Bibliothek von Alexandria zu zerstören.
- Ninas Traumhochzeit
Ninas Traumhochzeit sieht anders aus: Eine leere Kirche und der Verlobte wird verhaftet. In Geheimfächern finden sich Spuren, die in die Türkei führen.
- Türkei
Die Suche nach Max' Kollegen Emre in der Ausgrabungsstätte Nabelberg ist komplizierter als erwartet. Ein Rätsel mit Steinplatten und ein Autounfall kommen noch dazu.
- Florenz
Nina träumt sich ins mittelalterliche Florenz. Dort befreit sie einen arabischen Händler, den sie durch Zeitschleifen bis zur Werkstatt von Leonardo da Vinci verfolgt.
- San Francisco
In einem Museum macht sich Nina auf die Suche nach dem Gemälde, in dem Leonardo da Vinci die Aufzeichnungen des Archimedes versteckt hat.
- Alcatraz
Im ehemaligen Gefängnis Alcatraz machen wir uns auf die Suche nach der geheimnisvollen Kassandra.
- Flugzeugträger
Auf einem Flugzeugträger muss Nina an einen Container kommen, in dem sie das gesuchte Gemälde vermutet.
- Ende der Welt
Ins künstliche Koma versetzt, nimmt Nina in einer postapokalyptischen Stadt Kontakt mit den Wächtern auf.
- Santorin
Unter dem Meeresgrund betreten wir die Zentrale der Wächter, in der wir eine Kammer mit der Energiequelle Deterrium finden.
- CERN
Das Finale spielt sich im Teilchenbeschleuniger des CERN ab.
Komplettlösung von Geheimakte 3. Nina Kalenkow lüftet ein uraltes Geheimnis um die Kreiszahl Pi.